連江縣財政稅務局(下稱稅務局)課徵使用牌照稅情形，經審計部臺灣省基隆市審計室查核發現，對於原適用離島免稅而已運離連江縣一定期間車輛，部分未依規定徵收差額稅款，且採人工比對車輛進出資料，時有缺漏及耗時費力，經函請研謀改善，已完成清查補徵作業，並加強運用電腦軟體輔助查核。
審計室指出，連江縣為離島建設條例適用地區，依使用牌照稅法第7條第1項第11款規定，離島建設條例適用地區之交通工具在該地區領照使用，其車輛排氣量或動力馬達符合規定條件者，免徵使用牌照稅，惟依同法第14條規定，原屬免稅之交通工具，變更為應稅者，應按日計算徵收差額部分之稅額。
然而，審計室於114年2月查核發現，部分原適用離島免稅車輛，已運離連江縣而未於離島地區使用之車輛，仍續予免稅，稅務局未依規定補徵差額稅款者計有467車次，另雖已請臺馬航線業者按月提供每航次載運車輛進出資料，因採人工比對，時有缺漏及耗時費力情事，審計室遂於114年4月函請稅務局研謀改善並精進稽徵查核技術方法。
審計室表示，經追蹤改善情形，稅務局業於114年11月完成清查作業，並補徵63萬餘元差額稅款，另將加強運用電腦軟體輔助清查，並輔導民眾主動提供車運收據，協助查察，提升作業效率，維護租稅公平。