金門縣畜產試驗所(下稱畜試所)設置乳品加工廠及乳品檢驗室，運用自產牛乳加工產製乳製品，供民眾購買食用，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，未俟乳製品檢驗結果符合衛生與品質標準即行販售，無法確保民眾食用安全，經函請研謀改善，已修正相關作業程序，並增訂品質檢驗管制點，保障乳製品食用安全。
審計室指出，畜試所乳品檢驗室訂定之鮮乳衛生合格標準為鮮乳中每公撮(克)大腸桿菌群10CFU(colony-forming unit,CFU 菌落形成單位)以下；另危害分析重要管制點(Hazard Analysis and Critical Control Point,HACCP)標準書之鮮奶重要管制點計畫規定，產品須經確認合格，始能運出廠販售。
然而，審計室於113年11月查核發現，依據畜試所之乳品微生物檢驗結果報告、生產入庫及銷售紀錄，核有鮮乳產品製成後，即先行運出廠販售，HACCP規定產品須經確認合格再出廠之重要管制程序未盡落實，嗣該所檢驗室判定不合格，亦未確實回收不合格之乳製品，未能善盡乳品製造者社會責任，審計室遂於114年1月函請研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，畜試所已於114年3月修正乳品加工廠品質管制標準書「成品檢驗辦法」及管理制度標準書「成品回收作業程序」，規定乳品於檢驗合格後始准予銷售，且於不符衛生標準時，2日內回收後處置；另訂定乳品加工廠鮮乳領取作業規章，乳品經判定須報廢者，由品管人員填寫報廢單，經批示後進行報廢處理，確保鮮乳成品衛生安全。