臺東縣政府(下稱縣政府)為保育縣轄沿海水產及漁業資源，陸續公告劃設水產動植物繁殖保育區，經審計部臺灣省臺東縣審計室查核發現，部分保育區尚未訂定保育管理計畫，亦無投入相當人力及資源推動保育工作，經函請研謀改善，已訂定保育管理計畫，加強各保育區維護管理機制，並獲中央挹注保育管理計畫經費，有效提升保育執行成效。
審計室指出，縣政府為保育縣轄沿海之水產及漁業資源，依據漁業法第45條規定，自67年起陸續公告劃設宜灣、小港、小馬、綠島及富山等5處水產動植物繁殖保育區，近年並依據保育區需求，重新公告修正保育區範圍及增訂相關限制事項，對於特定物種禁止或限制採捕，以合理利用水產資源，避免棲地環境遭受人為過度干擾及破壞，維持生物多樣性與共榮共存。
然而，審計室於112年10月查核發現，縣政府公告劃定之保育區，多數尚未依修正後漁業法訂定保育管理計畫，且未投入相當人力及資源進行保育管理工作，致經主管機關海洋委員會海洋保育署(下稱海洋保育署)評比結果，列為低度保護，影響保育成效與目標之達成，審計室遂於112年11月函請縣政府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府除已增訂保育區管理計畫，與當地漁會合作成立海洋巡守隊，加強保育區巡守作業，並獲得中央補助保育區巡護計畫，投入相當人力資源進行岸際巡護管理工作，嗣經海洋保育署於114年3月考核結果，富山及綠島2處保育區均獲名列前茅之優異成績，有效提升保育執行成效。