金門縣稅務局(下稱稅務局)辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，部分課徵案件未依實際使用情形核課，經函請研謀改善，已釐正稅籍並依法補徵稅款，維護租稅公平。
審計室指出，依據土地稅法第14條規定，已規定地價之土地，除依規定課徵田賦者外，應課徵地價稅；第22條規定，非都市土地依法編定之農業用地或未規定地價者，徵收田賦。另房屋稅條例第3條規定，房屋稅以附著於土地之各種房屋，及有關增加該房屋使用價值之建築物，為課徵對象；金門縣房屋稅徵收率自治條例第2條規定，金門縣房屋稅徵收率，供營業、私人醫院、診所或自由職業事務所使用房屋，按其現值課徵3％，住家用房屋係供自住或公益出租人出租使用者，按其現值課徵1.2％，其他供住家用房屋，按其現值課徵1.5％。
然而，審計室於113年11月查核發現，金門縣轄內課徵田賦土地部分非作農業使用、縣有土地經出租或遭占用及公共設施保留地，間有作為商業、住宅、製造業等，未依規定改課或補徵地價稅；另有房屋稅課稅主檔登載房屋總樓層數與使用執照所載未盡相符，致評定現值低估；房屋有營業稅籍登記，仍以住家用稅率核課；違章建築物或農舍查無房屋稅稅籍編號未核課等情事，審計室遂於114年1月函請檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至114年8月底止，稅務局已清查釐正稅籍資料，改課或補徵地價稅及房屋稅各為566筆及178筆，稅額分別計29萬餘元及52萬餘元，共計82萬餘元，並將持續加強稅籍清查作業，維護租稅公平。