國營臺灣鐵路股份有限公司（下稱臺灣鐵路公司）為鼓勵員工士氣，依乘務人員實際執行乘務工作情形核發乘務旅費，經審計部交通建設審計處查核發現，臺灣鐵路公司並未將乘務旅費納入員工薪資所得覈實申報，與所得稅法規定未合，經函請檢討改善，該公司已依規定辦理，強化審核作業。
審計處指出，臺灣鐵路公司考量乘務人員隨乘列車工作，四處奔波且食宿不定，為促進乘務人員工作士氣，前已訂定「動力車乘務員乘務旅費支給標準」及「運務處乘務人員乘務旅費支給標準」，依乘務人員實際乘務時間及乘務公里等計算核發乘務旅費。按乘務工作為乘務人員常態性職務，並非出差性質，故乘務旅費屬本職業務衍生之給與，依所得稅法第14條規定，為應扣繳稅款之員工薪資所得；依所得稅法第89條第3項規定，臺灣鐵路公司應於每年1月底前向主管稽徵機關申報受領人資料及全年給付金額。
然而，審計處於113年4月查核發現，臺灣鐵路公司112年度計核發乘務旅費2億1,133萬餘元，惟該公司並未將乘務旅費納入員工薪資所得覈實申報，核與所得稅法規定不符，審計處遂於113年6月函請檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，臺灣鐵路公司除已責成所屬單位就員工112年度支領乘務旅費辦理補申報作業外，並依所得稅法規定，自114年1月起將乘務旅費納入員工113年度薪資所得覈實申報，以利政府依法課徵綜合所得稅及符合租稅公平原則。