農業部農田水利署（下稱農水署）為確保灌溉用水品質，於農田水利事業區域內辦理灌溉水質檢驗作業。經審計部教育農林審計處查核發現，該署未將砷、汞等重金屬納為檢驗項目，經函請檢討改善，已自114年2月新增辦理砷、汞之檢驗，並於同年6月取得砷、汞等2項重金屬分析之財團法人全國認證基金會（下稱TAF）認證，完善灌溉水質檢測作業。
　　審計處指出，農水署為掌握灌溉水質與變化趨勢，以農田灌溉排水管理辦法第20條訂定之灌溉水質基準值作為檢驗標準，除導電度等現場檢驗項目外，由所屬桃園、石門及彰化管理處設置之灌溉水質實驗室，就農田水利事業範圍內各監測點所採集之水樣，分析檢驗氨氮等6項品質項目及總鉻等6項管制項目，並於111年6月取得總鉻等6項管制項目重金屬分析之TAF認證。
　　然而，審計處於113年9月查核發現，108年度至113年9月間環境部列管土壤及地下水砷或汞污染場址，位於農田水利事業範圍內者計44處；農水署灌溉渠道流經污染場址環域200公尺及500公尺範圍內者則分別計11處及39處，惟農水署辦理水質檢驗作業尚未包含砷、汞等管制項目，潛藏重金屬透過灌溉途徑進入農田，進而影響農產品食用安全之風險，審計處遂於114年1月函請農水署檢討妥處。
　　審計處表示，經追蹤改善情形，農水署灌溉水質實驗室自114年2月起已於水質檢驗項目中新增砷、汞等管制項目，114年6月底前送驗水樣並已檢驗1,430筆，灌溉水質實驗室亦於114年6月取得砷、汞分析之TAF認證，完善灌溉水質檢測作業。