政府捐助之財團法人(下稱財團法人)依財團法人法規定應建立內部控制及稽核制度報主管機關核定，經審計部交通建設審計處查核發現，財團法人鐵道技術研究及驗證中心(下稱鐵研中心)內部控制及稽核制度未依規定報主管機關交通部核定，經函請行政院督促交通部強化監督力道，已獲交通部核定，完備治理機制。
審計處指出，財團法人係政府為達成特定政策目的而捐助成立，其治理機制有加強監督管理之必要，爰財團法人法為引導財團法人透過建置完善治理機制，強化自主管理，暨主管機關作為督促轄管財團法人良善治理之依據，於該法第61條第1項規定：「政府捐助之財團法人應建立人事、會計、內部控制及稽核制度，報主管機關核定。」
然而，審計處於112年5月查核發現，交通部為提升鐵道技術研發及檢測驗證能力，於110年6月捐助設立鐵研中心，基金總額1億1,614萬餘元，全數由政府編列預算捐助，惟其內部控制及稽核制度仍修訂中，遲未獲交通部核定，審計處遂於112年6月、113年6月兩度函請行政院督促交通部強化監督力道，促請儘速完成相關制度建立。
審計處表示，經追蹤改善情形，鐵研中心已依交通部審查意見完成內部控制制度、內部稽核制度(草案)修正，並經交通部審查完竣於114年5月核定，完備治理機制，並符財團法人法規範。