南投果菜市場股份有限公司(下稱南投果菜公司)辦理會計事務作業，經審計部臺灣省南投縣審計室查核發現，會計作業仍以人工方式處理，尚未採電腦化作業，經函請研謀改善，已導入行政院主計總處開發之特種基金歲計會計資訊管理系統(簡稱SBA系統)，提升會計事務處理效能及正確性。
審計室指出，行政院主計總處為推動特種基金歲計會計業務資訊化，陸續開發共同性系統功能，整併為特種基金歲計會計資訊管理系統，並於系統增設地方營業基金之會計資料匯出功能，自109年9月1日起提供地方政府各主管機關及營業基金使用。
然而，審計室於112年9月查核發現，南投果菜公司仍以人工手寫或蓋印記帳方式處理會計事務，重複性記錄工作耗時費力且易生錯誤，又未建置會計資訊檔案，無法電腦化產製會計報告，審計室遂於113年1月函請南投果菜公司研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，南投果菜公司已自114年1月起導入特種基金歲計會計資訊管理系統，接續處理帳務、開立傳票與編製會計報告、實施計畫及收支估計表、半年結算等作業，降低人工處理錯誤率，提升會計事務處理效能。