嘉義縣財政稅務局（下稱財稅局）辦理房屋稅及地價稅稽徵作業，經審計部臺灣省嘉義縣審計室查核發現，部分房屋及土地未依實際用途核課或適用稅率與規定未符，經函請研謀改善，已釐正稅籍資料及訂定年度清查計畫，依法補徵房屋稅及地價稅款，維護租稅公平。
審計室指出，依嘉義縣房屋稅徵收自治條例第3條第1項第2款第1目規定，供營業使用房屋，依房屋現值3％課徵房屋稅。另土地稅法第14條規定，已規定地價之土地，除依第22條規定課徵田賦者外，應課徵地價稅。又依財政部80年11月28日台財稅第800421421號函釋，原屬符合土地稅法第22條規定課徵田賦之土地，部分變更為非農業用地使用，依法應改課地價稅者，應按其實際使用面積，分別課徵田賦及地價稅。
然而，審計室於113年10月查核發現，財稅局辦理113年度房屋稅及地價稅徵課作業，部分供營業、私人診所、自由職業事務所使用房屋，僅依自住用稅率核課房屋稅，或課徵營業用房屋稅率建物之坐落土地未依法核課地價稅；供製造業、倉儲業等使用之建物，查無房屋稅籍；另有開挖整地等違規使用土地，卻適用田賦優惠等，審計室遂於113年11月函請財稅局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至114年6月底止，財稅局已清查釐正相關稅籍資料及訂定年度清查計畫，補徵房屋稅及地價稅計299筆、金額345萬餘元，並將持續加強清查工作，維護租稅公平。