政府為健全規費制度，增進財政負擔公平，有效利用公共資源及維護人民權益，於91年12月制定公布規費法，嗣於105年5月及106年6月2度修正。各項規費之徵收業務，原則由各徵收機關依法律規定訂定規費收費基準辦理。
審計部指出，我國徵收規費之來源涵蓋公務預算及非營業基金等2類，其中公務預算科目包含「行政規費」、「使用規費」及「司法規費」等3類，至於納入非營業基金採專款專用方式運作者，則由財政部國庫署定期調查公告。據該署統計，109至112年度公務機關規費收入介於555億餘元至593億餘元間，非營業基金專款專用規費收入介於455億餘元至493億餘元間。
然而，審計部於113年4月查核發現，除公務預算編有規費收入科目外，其餘納入非營業基金專款專用之規費收入，係由財政部國庫署調查統計後，於該署網站揭露預、決算相關資訊，又部分機關對於規費定義、適用範圍及會計帳務處理，間有認知或歸屬科目不一情事，允宜督促加強宣導及持續完備相關作業規範，俾利規費帳務處理及統計表達更臻周妥，審計部遂建請行政院督促相關主管機關研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，行政院主計總處已增訂非營業特種基金之規費收入相關科目，自114年度預算起適用，並將賡續加強宣導，俾利提升各機關帳務處理之正確性；至財政部亦將配合於辦理年度實地訪查作業時，加強輔導各機關正確歸類規費科目，除可使規費預、決算數統計數據更臻正確外，亦可作為未來規費法制檢討之參考。