澎湖縣政府(下稱縣府)所屬各機關(單位)為提升對民間團體及個人之補(捐)助效益，分別訂有相關補(捐)助作業規定，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，部分補(捐)助作業規定未臻嚴謹，經函請研謀改善，已檢討修正，完善作業規範，強化內部控制機制。
審計室指出，縣府配合行政院110年5月10日修正發布之「中央政府各機關對民間團體及個人補(捐)助預算執行應注意事項」，於110年6月30日修正「澎湖縣政府各機關單位對民間團體及個人補(捐)助預算執行應注意事項」(下稱澎湖縣補捐助注意事項)，增訂支用單據控管機制及運用民間團體補(捐)助系統(CGSS)等規範，俾促進補(捐)助對象妥善保存補助經費支用單據，及強化各機關(單位)補(捐)助作業內部控制。
然而，審計室於113年4月查核發現，縣府所屬部分機關(單位)訂定之對民間團體及個人補(捐)助規定，未配合澎湖縣補捐助注意事項修正之規定，將受補(捐)助對象應妥善保存各項支用單據，如未妥善保存，應依情節輕重酌減或停止補(捐)助；對補助事項應強化內部控制機制，包含須衡酌受補(捐)助對象業(會)務或財務運作狀況；相關補捐助資訊應登載於CGSS，並透過該系統查詢補(捐)助案件有無重複或超出所需經費等內容納入規範，審計室遂於113年6月函請縣府督促檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至114年7月底止，5個機關(單位)已完成修正並公告實施完善補助作業規範，強化內部控制機制。