政府為因應全球供應鏈移轉與國際情勢轉變，協助廠商回臺轉移生產基地及支持企業升級轉型，自108年1月起陸續推動投資臺灣三大方案（臺商回臺、根留臺灣、中小企業等三大投資方案），協助廠商融資需求，並支付金融機構委辦手續費，經審計部查核發現，行政院國家發展基金(下稱國發基金)補貼廠商融資委辦手續費支出逾52億元，惟均未派員實地查核優惠貸款運用情形，經函請研謀改善，已檢討建立監督機制並委託專業機構辦理查核，以確保政府資源有效運用。
審計部指出，國發基金配合政府投資臺灣三大方案政策，針對臺商回臺及根留臺灣等二大投資方案分別匡列7,100億元及2,500億元專案融資貸款額度，委由金融機構以自有資金貸放（風險由銀行承擔），國發基金並支付金融機構委辦手續費，以協助投資廠商快速取得融資。截至112年底止，國發基金補貼委辦手續費計52億餘元。
然而，審計部查核發現，截至112年底止，國發基金執行上開二大投資方案已逾5年，均僅採書面審核方式判斷廠商貸款用途是否符合規定，且109至112年度僅發現5案未符規定，收回委辦手續費291萬餘元，相較經濟部中小企業發展基金執行中小企業投資方案補貼委辦手續費計24億餘元，實地抽查比率26.60％，收回委辦手續費1,116萬餘元，國發基金監督管理尚有強化空間，審計部遂於113年6月函請基金管理機關國家發展委員會研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，國發基金已增訂「請承貸銀行加強對申貸廠商投資進度之監督」等3項監督機制，並於113年10月及11月派員實地查核，另因政策性貸款案件與金額龐大，已委託專業機構辦理後續查核工作，以確保政府資源有效運用。