雲林縣政府(下稱縣政府)為維護校園飲食衛生安全，加強午餐輔導管理，訂定雲林縣立中等以下學校辦理學校午餐工作要點(下稱工作要點)，經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，縣政府轄管部分學校未定期清理水塔及抽檢餐具衛生情形，午餐食材支出比例較低等，經函請研謀改善，已修正工作要點，強化校園飲食衛生安全管理，並精進午餐管理機制。
審計室指出，學校餐廳廚房員生消費合作社衛生管理辦法及國民中小學校園安全管理手冊規定，學校水塔應每年至少清理1次、每週應抽檢各餐廳餐具之澱粉及脂肪性殘留並記錄之。另工作要點規定，學校午餐食材支出所占比例每學年不得低於午餐支出總額70％，經費結餘款應於學期結束2週內填報午餐結餘款備查。
然而，審計室於113年6月查核發現，縣政府轄管部分學校計有32所尚未依規定定期清洗水塔、抽檢餐具澱粉及脂肪性殘留情形，或午餐食材支出比例每學年低於總額70％，經費結餘款亦未依限填報備查等，審計室遂於113年10月函請縣政府督導改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已於114年2月修正工作要點，增訂有關學校廚房水塔、餐具清理之規定，及調整午餐結餘款填報期限，納入駐區營養師訪視重點項目，並提升食材支出占比，強化學校餐飲衛生安全及午餐管理機制。