屏東縣政府(下稱縣政府)為維持污水下水道系統之營運，及落實使用者付費原則，依下水道法規定，訂定屏東縣污水下水道使用費徵收自治條例，明定接用污水下水道系統之用戶應繳納使用費，經審計部臺灣省屏東縣審計室查核發現，縣政府尚未開徵使用費，經函請研謀改善，已開徵事業用戶污水下水道使用費，落實使用者付費原則。
審計室指出，自84年起縣政府每年投入鉅額經費建置水資源回收中心及公共污水管線等設施，並於109年9月7日訂定屏東縣污水下水道使用費徵收自治條例，明定接用污水下水道系統之事業用戶及一般用戶，應依所列費率按月計收污水下水道使用費，截至111年1月底止已完成六塊厝、恆春鎮及內埔鄉等3座水資源回收中心，建置污水管線長度約206.74公里。
然而，審計室於111年1月查核發現，縣政府尚未開徵污水下水道使用費，致每年須分別編列4,124萬元及1,200萬元，支應六塊厝及恆春鎮等2座水資源回收中心之委託代操作經費，另俟內埔鄉水資源回收中心試營運屆期，亦須籌措財源委託代操作，及持續建設公共污水管線，相關維運所需費用將逐年遞增，加重縣庫負擔，亦未落實使用者付費原則，審計室遂於111年3月函請縣政府檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已於113年11月21日公告自114年1月1日起針對事業用戶(如醫院、百貨公司及旅館等業者)先行開徵污水下水道使用費，費率採用水量每度(立方公尺)10元計收，114年1至6月開徵金額計178萬餘元，可挹注於污水下水道系統之營運，緩解縣庫負擔，並落實使用者付費原則。