連江縣港務處(下稱港務處)負責馬祖福澳商港管理業務，經審計部臺灣省基隆市審計室查核發現，該處為維護港區作業環境安全，已公告碼頭非公用物品限期自主移除，惟仍有廢棄物品滯留，經函請研謀改善，業已完成廢棄物品清理，提升港區作業環境安全。
審計室指出，商港港務管理規則第25條規定，港區內之船舶裝卸貨物、拆解船舶或其他公民營事業機構作業時，應將油料、廢水、廢棄物及垃圾等清除，不得遺留排放或拋棄於港區；不清除者，得由主管機關代為清除，其費用由船舶所有人或行為人負擔。又港務處為維護港區作業環境安全，均不定期巡查，發現機具或物品滯留港區即通知所有人遷移，或公告限期移除。
然而，審計室於113年9月查核發現，港務處已於113年8月公告福澳商港碼頭非公用物品限期自主移除，惟經實地勘查仍有部分機具或物品滯留未移除且散置碼頭各區域，暨裝卸作業木棧板堆置且已有飳蝕情形，未依時限清理，審計室遂於113年10月函請連江縣交通旅遊局督促港務處檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，港務處已請裝卸業者清理滯留物品及廢棄木棧板，並於114年2月完成清理，提升港區作業環境安全。