嘉義市政府(下稱市政府)於102年設立嘉義市貨物轉運中心市地重劃基金(下稱貨轉基金)，辦理嘉義市第五期貨物轉運中心區市地重劃案(下稱五期重劃案)，於110年7月21日完成結算，經審計部臺灣省嘉義市審計室查核發現，貨轉基金之主要市地重劃工作已結算，且基金性質與嘉義市平均地權基金(下稱平權基金)相近，允宜整併以提升政府整體運作效能，經函請研謀改善，已完成整併，減省行政作業。
審計室指出，依據中央政府特種基金管理準則第17條及第21條規定，各機關所管特種基金，如因性質相同或業務單純，主管機關應檢討合併；地方政府所管特種基金，準用。
然而，審計室於112年4月查核發現，市政府於78年設置平權基金，辦理市地重劃等業務；另貨轉基金主要工作為五期重劃案，且於110年7月21日完成結算，2基金業務及性質相近，為提升事務統籌調度能力及基金運作效能，允宜適時研議整併，審計室遂於112年5月函請市政府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，市政府已自113年1月起，將貨轉基金併入平權基金項下營運，簡化預、決算及會計作業程序，使資金更能有效運用，提升行政效能並減省行政作業成本。