臺南市南瀛科學教育館為推廣天文教育，設置南瀛天文館(下稱天文館)，經審計部臺南市審計處查核發現，天文館3大主題館之天文展示館常設展項長年未更換，且屢經遊客反映設備損壞，及建議新增設施、展項或活動等，經函請研謀改善，已重新整修，全面更新升級場館設施，期提供民眾多元天文體驗。
審計處指出，天文館為全臺第一個以天文為主題之環境教育設施場所，設有天文觀測館、天文展示館及星象館等3大主題館，其中天文展示館主要介紹太陽系及天文史發展，提供民眾體驗導向展項設計，營造具科技與幻想異質場境，透過生動、活潑且豐富天文活動，結合熱門主題特展，啟發民眾對天文科學喜愛。
然而，審計處於111年4月查核發現，天文展示館自101年11月開放營運後，館內常設展除部分展品零星修繕外，幾近10年未曾更換展項內容，復依據天文館109及110年度遊客滿意度調查，歸納分析遊客355則建議內容，以「展示設備損壞或影像品質不佳」71則(20％)為最多，「新增設施、展項或活動」57則(16.06％)次之，顯示到訪遊客對場館展示設備損壞無法使用不滿意，並期望增加更多設施及活動，審計處遂於111年5月函請天文館檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，天文館獲文化部核定補助3,000萬元，加上自籌款1,285萬元，計投入4,285萬元，於113年重新整修天文展示館，以生活中的天文為主題，導入AI、沉浸式體驗及互動裝置等多項展示技術，全面更新升級場館設施，並於114年1月8日重新開幕，提供民眾多元天文體驗，持續推廣深化天文科普教育。