雲林縣環境保護局(下稱環保局)辦理畜牧糞尿資源化推動情形，經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，縣內部分飼養豬隻2,000頭以上或牛隻500頭以上之大型畜牧場，其畜牧糞尿資源化處理比率未達法定標準（總廢水產生量5％），經函請檢討改善，已全數符合畜牧糞尿資源化處理之法定標準，且廢水變成肥分施灌農田，減少化學肥料使用及河川污染負擔，大幅提升畜牧糞尿資源化利用。
審計室指出，環保局為改善河川污染，提升生活環境品質，落實畜牧糞尿循環經濟回收再利用，109至111年度編列預算4,483萬元，辦理畜牧廢水氨氮回收推動計畫，輔導畜牧業加強畜牧糞尿資源化處理措施，並強化廢(污)水處理之稽查管制。
然而，審計室於112年9月查核發現，截至111年底止，雲林縣政府登記列管轄內營業中之大型畜牧場計有168場，其中12場畜牧糞尿資源化處理比率未達水污染防治措施及檢測申報管理辦法第46條之1第2項規定，總廢水產生量5％之法定標準，審計室遂於112年12月函請環保局研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至113年底止，縣內登記列管之大型畜牧場計有165場，已全數符合畜牧糞尿資源化處理之法定標準，且廢水變成肥分施灌農田，減少化學肥料使用及河川污染負擔，大幅提升畜牧糞尿資源化利用。