臺東縣政府（下稱縣政府）辦理富岡港交通船碼頭改善工程，經審計部臺灣省臺東縣審計室查核發現，工程進度延宕未如期完工，另碼頭高程未考量泊靠船型及潮位差之影響，致泊靠時船舶與碼頭間存有落差，及新舊碼頭間高程不一致，影響旅客上下船及通行安全等，經函請縣政府研謀改善，已完成新舊碼頭銜接高程改善及完工驗收，便於船舶停靠及旅客上下船安全性。
審計室指出，富岡港原有2席客運船碼頭，每年旅遊旺季及颱風過境前後離島疏運尖峰期間，因泊位不足致客運船須改至貨船碼頭接駁旅客，造成旅客須長距離步行繞道，且與貨運車輛交雜，危及旅客安全及降低服務品質，縣政府為解決客運碼頭擁擠問題，計畫將既有登船碼頭向南延伸作為客運碼頭，增加1席泊位，以提升旺季期間碼頭調度彈性，於108年4月發包辦理富岡港交通船碼頭改善計畫水域工程，工程內容包含興建南防波堤、南海堤、客運碼頭及客運專區新生地填築等，決標金額3億2,165萬元，預計於110年9月完工。
然而，審計室於110年10月查核發現，截至110年9月底止，工程進度僅約60％，工程進度延宕未如期完工，且碼頭高程未考量泊靠船型及潮位差之影響，導致低潮位期間客運船於泊靠時，登船處與新建碼頭間高差達75公分，另新舊碼頭間亦存有高程落差40公分，影響旅客上下船及通行安全，審計室遂於110年11月函請縣政府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已完成新舊碼頭銜接高程改善，並於113年5月完工驗收，且獲行政院核定補助經費獎勵業者汰換5艘新型客運船，可減少低潮位期間交通船與碼頭間之落差，有利改善船舶停靠及旅客上下船安全性。