澎湖縣政府(下稱縣府)為加強查報取締非都市土地違規使用情形，訂定「澎湖縣政府執行非都市土地違規取締查報作業要點」，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，違規使用土地之稽查及處理時效作業未臻完善，經函請研謀改善，已修正作業要點，並促請違規行為人改善，或依法裁罰，健全非都市土地使用管理。
審計室指出，按澎湖縣政府執行非都市土地違規取締查報作業要點第10點規定，非都市土地違規使用案件，同時違反其他特別法令者，應移請各目的事業主管機關依其主管法令規定查核，無違反其他特別法令者，由財政處依區域計畫法規定會同相關單位查處。另內政部102年5月31日召開「研商非都市土地違規使用查處作業相關事宜會議」並決議，市縣政府至遲應於受理檢舉或主動發現違規行為後45日內完成第1次裁罰相關行政作業，倘需辦理實地勘查者，則於60日內完成第1次裁罰相關行政作業。
然而，審計室於110年3月查核發現，縣府107年1月1日至109年12月31日經舉發查處中之非都市土地違規使用案件計38件，其中逾120天仍未完成裁罰作業者計35件，占92.11％，主要係遲未釐清目的事業主管單位、或分案後有爭議、或違規行為涉及2個（含）以上主管單位，且未於上揭內政部102年5月31日會議決議之時限內辦竣裁罰作業，審計室遂於110年5月函請縣府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣府已於111年2月9日修正「澎湖縣政府執行非都市土地違規取締查報作業要點」，明定受理非都市土地違規使用案件之權責單位劃分，以提高行政效能。另截至113年底止，上開非都市土地違規案件，重複舉發及已完成改善者14件；因未改善而予以裁罰者20件，金額合計145萬餘元；尚有4件查處中。