依關稅與內地稅相互勾稽處理作業要點規定，關務署（海關）對進口貨物顯有高價低報，企圖逃漏稅捐者，應於1個月內檢附涉嫌逃漏稅廠商之進口報單、發票等相關事證資料，以系統通報國稅局查核。經審計部查核發現，部分進口人高價低報之漏稅額達應移送國稅局查核標準，海關卻未依限通報，經函請檢討改善，已函示各關通報範疇並進行補通報作業，落實聯合查稅機制。
審計部指出，財政部為防止進口商藉高價低報進口貨物價格，除逃漏關稅及海關代徵之營業稅外，亦可能衍生國內銷售貨物漏報銷售額之營業稅及營利事業所得稅等稽徵問題，於90年8月1日訂定關稅與內地稅相互勾稽處理作業要點，建立海關與國稅局聯合查稅機制。嗣關務署為聚焦查核逃漏稅高風險廠商，於109年3月23日函知各關，進口貨物顯有高價低報或涉及偽變造及不實發票案件情節重大，且漏稅額逾一定金額者，應通報國稅稽徵機關查核。
然而，審計部於112年9月查核發現，111年度部分業者涉有高價低報進口貨物交易價格且補稅逾一定金額之異常案件，除逃漏進口稅外，可能於國內銷售時未依規定開立統一發票，涉有營業稅法短、漏報銷售額之補稅及罰鍰情事，惟部分關區未依規定通報國稅局查核，經於113年2月函請關務署督促檢討妥處。
審計部表示，經追蹤改善情形，關務署業已函示各關，補稅逾一定金額之案件，應確實納入通報範疇，並於113年2月15日通函各關進行補通報作業，截至113年8月底止，計通報150案，以發揮聯合查稅機制。