臺南市政府財政稅務局(下稱財稅局)辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，經審計部臺南市審計處查核發現，部分農業用地已移作非農業使用仍課徵田賦，及非供住家使用房屋仍按住家用稅率核課房屋稅，經函請檢討改善，已釐正稅籍資料並補徵地價稅及房屋稅計1,594萬餘元，以維護租稅公平。
審計處指出，依土地稅法第22條第1項規定，非都市土地依法編定之農業用地或未規定地價者，徵收田賦；財政部80年11月28日台財稅第800421421號函釋內容，原屬符合土地稅法第22條規定課徵田賦之土地，部分變更為非農業用地使用，依法應改課地價稅者，應按其實際使用面積，分別課徵田賦及地價稅；依房屋稅條例第5條規定，房屋稅依其房屋現值，分別按住家用或非住家用房屋稅率課徵，房屋同時作住家及非住家用者，應以實際使用面積，分別按住家用或非住家用稅率，課徵房屋稅。
然而，審計處於112年10月查核發現，財稅局辦理112年度地價稅及房屋稅稽徵作業，核有部分課徵田賦之農業用地，整筆非為農業使用，或供作製造業、商業、住宅等建築利用，而未改課地價稅；部分房屋供補習班、飲料店、無店面零售業及違規經營民宿等使用，而仍按住家用稅率核課房屋稅等，審計處遂於113年1月函請財稅局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，財稅局已於113年5月完成清查及釐正相關稅籍資料，依法補徵地價稅及房屋稅共762件、金額1,594萬餘元，並持續精進稅籍清查工作，以維護租稅公平。