政府為促進工業發展，健全工廠管理及輔導，於90年制定工廠管理輔導法，嗣為解決未登記工廠長久既存問題，自99年至108年間歷經3次修正工廠管理輔導法，採取「不准新增、全面納管、就地輔導」原則辦理。審計部為瞭解政府管理及輔導未登記工廠政策執行情形，於109及111年度規劃辦理專案調查，發現部分市縣政府收取之納管輔導金或營運管理金未專款專用，或未訂定收支保管運用規範；市縣政府對轄區內未登記工廠掌握度，且對於非屬低污染未登記工廠之輔導計畫提報，及針對既有低污染未登記工廠納管審查及改善計畫審查進度等，均待強化等情事，經審計部促請研謀改善，並揭露於109及111年度中央政府總決算審核報告，另監察院亦主動立案調查，並引用審計部109年度中央政府總決算審核報告經濟部主管重要審核意見後，提出調查報告並糾正經濟部。經賡續追蹤結果，經濟部產業發展署已定期召開未登記工廠管理輔導會議管控查處、納管、計畫審查情形，訂定「納管工廠納管輔導金及特定工廠營運管理金運用指引」，積極強化未登記工廠管理輔導工作，提升管理輔導成效，以期逐步達到環境保護、經濟發展及勞工就業等三贏目標。

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