政府審計制度之設計、審計職權之歸屬，及審計機關之定位，由於各國國情與政治體制不同，自有所差異。惟審計權能否發揮應有之功能，其超然獨立之特性為最重要之條件。審計機關之層級愈高，愈能確保其超然獨立，即使在英美等三權分立之國家，審計機關組織雖與國會同歸於立法部門，惟其首長定位為「國家審計長」與國會無隸屬關係；法、德、日等國更係獨立於三權之外，以確立審計權之獨立性。歸納我國政府審計制度有下列特質：

一、審計權為監察權之一，由審計機關行使。

我國中央政府採五權分立制度，依憲法第90條及憲法增修條文第7條之規定，審計權與彈劾、糾舉等權，同為監察權之一，依監察法第1條及審計法第3條規定，審計職權由審計機關行使之。

二、審計長設於監察院，審計人員依法獨立行使審計職權。

審計長依憲法第104條規定設於監察院，由總統提名，經立法院同意任命之。審計長綜理審計部事務，並監督所屬職員及機關。審計長任期為6年，審計人員依法獨立行使其審計職權，不受干涉。

三、審計長應依限完成決算之審核，並提出審核報告於立法院。

審計長依憲法第105條規定，應於行政院提出決算後3個月內，依法完成其審核，並提出審核報告於立法院。直轄市、縣市政府年度總決算之審核，準用上述各項規定，由審計部設於各該地方之審計機關首長提出審核報告於各該地方議會審議。

四、審計權之行使對象為政府所屬全國各機關及有關人員。

審計權之行使對象，與監察院之行使彈劾、糾舉權相同，為中央至地方政府所屬全國各機關及有關人員。審計範圍為中央至地方政府所屬全國各機關、基金及公有營(事)業、公私合營之事業及受公款補助之團體、私人等。

五、審計機關之組織採一條鞭制，由中央直貫地方。

審計職權，依審計法第3條規定由審計機關行使，審計機關之組織係採一條鞭制度，由中央直貫地方。目前審計機關辦理中央政府各機關財務之審計者，有審計部及所屬教育農林、交通建設2個審計處；辦理地方政府各機關財務之審計 者，有審計部所屬臺北市、高雄市2個審計處，以及臺灣省基隆市、臺北縣、宜蘭縣、桃園縣、新竹縣、新竹市、苗栗縣、臺中縣、臺中市、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣、嘉義市、臺南縣、臺南市、高雄縣、屏東縣、花蓮縣及臺東縣等20個審計室。各審計處室均應依據審計法及審計部訂定之各種審核規章，執行審計業務，並受審計部監督。  

依據審計法第2條規定，審計機關之職權包括監督預算之執行、審核財務收支、審定決算、考核財務效能、稽察財務上之違失、核定財務責任等，主要功能有下列3項：

一、審核財務收支，審定決算，提高政府財務報表之公信力。

此類審計工作，目的在審核政府預算執行結果及財務狀況，提高政府財務報表之公信力。其功能主要係對立法部門提供服務。

二、考核財務效能，提供財務管理顧問之服務。

審計機關考核各機關之績效並於政府編擬年度概算前，提供審核以前年度預算執行之有關資料及財務上增進效能及減少不經濟支出之建議意見。此等功能，乃向行政部門提供管理顧問之服務。

三、稽察財務(物)違失，核定財務責任，匡正財務紀律。

此類審計工作，目的在稽察各機關財物及財政上之不法或不忠於職務之行為，進而核定其財務責任，係審計機關對監察部門及司法檢察部門提供之服務。

審計部及所屬教育農林審計處暨交通建設審計處，掌理中央政府及其所屬機關之審計事務；另審計部於直轄市，設有臺北市、高雄市兩審計處，並於臺灣省各縣市，設有20個縣、市審計室，分別掌理各該地方審計事務。

審計工作方式，分為書面審計、就地審計、隨時稽察及委託審計等四種。

一、書面審計：

各機關依法應將會計報告及收支憑證，按月送由審計機關審核(經審計機關同意者免附送收支憑證)，會計年度結束後決算報告亦應依限送審計機關審核。

二、就地審計：

審計機關派員至各機關辦理抽查或專案審計，以實地瞭解及評核各機關有關財務收支及計畫之執行。

三、隨時稽察：

審計機關為監督政府各項重大採購計畫之作業及其執行績效，得隨時派員稽察各機關辦理採購案件之規劃、設計、招標、履約、驗收暨完成後之效益等。

四、委託審計：

審計機關對於審計上涉及特殊技術及監視鑑定等事項，得諮詢其他機關或專門人員或委託辦理，辦理結果由審計機關決定之。

審計機關辦理審計事務，除為適正性及合規性之審計外，並注重效能性之審計。審核之結果，如發覺各機關人員有財務上違失之行為，或違背預算或有關法令之不當收支，或有未盡職責效能過低之情事，應通知有關機關處理，各有關機關得依審計法規定，提出聲復與聲請覆議。而審計機關經覆審覆議程序後，其處理方式如次：

一、 審核各機關年度決算，對於短、漏、誤列之各項歲入款項，及保管款、暫收款、代收款等科目內應繳庫而未繳庫之歲入款，依法修正增列歲入決算通知繳庫。

二、 審核各機關年度財務收支，對於違背預算或有關法令之不當支出，補助、委辦或各項計畫經費支用後所結餘之款項等，依法剔除、修正減列歲出決算通知繳庫。

三、 審核稽徵機關賦稅捐費徵收納庫，對於法令適用不當或計算錯誤，依法通知該管機關查明處理。

四、 稽察各機關人員財務上違失案件，對於涉有違失者依法通知各該機關長官按權責查明處分，情節重大者依法報請監察院處理，其涉及刑事者移送法院辦理。

五、 考核各機關之績效，核有未盡職責或效能過低，依法通知其上級機關長官，並報告監察院。其由於制度規章缺失或設施不良者，提出建議改善意見於各該機關。

我國憲法第60條規定，行政院於會計年度結束後4個月內，應提出決算於監察院。又憲法第105條及決算法第26條規定，審計長應於行政院提出決算後3個月內，依法完成其審核，編造最終審定數額表並提出審核報告於立法院。

審計機關對於年度決算之審核，係依據審計法、決算法所定之應行注意事項辦理，重點包括：

一、歲入、歲出是否與預算相符；如不相符，其不符之原因。

二、歲入、歲出是否平衡；如不平衡，其不平衡之原因。

三、歲入、歲出是否與國民經濟能力及其發展相適應。

四、歲入、歲出是否與國家施政方針相適應。

五、施政計畫、事業計畫或營業計畫已成與未成之程度。

六、施政效能、事業效能或營業效能之程度及與同類機關或基金之比較。

七、違法失職或不當情事之有無。

又為期決算之審核工作更臻周詳，審核報告內容更為具體、充實，並設置總決算審核委員會專責規劃督導決算審核事宜，務期公平、客觀考核政府施政效能，適正表達政府財政收支及狀況。

至立法院及監察院對於總決算審核報告之處理，分述如次：

一、立法院對總決算審核報告中，有關預算之執行，政策之實施及特別事件之審核、救濟等事項，予以審議。

二、總決算審核報告經立法院審議通過後，由立法院將審核報告內之最終審定數額表，送交監察院，由監察院咨請總統公告。

三、監察院對總決算暨附屬單位決算審核報告，所列應行處分之事項，依決算法應分別為下列之處理：

（一）應賠償之收支尚未執行者，移送國庫主管機關或附屬單位決算之主管機關執行之。

（二）懲處之事件，依法移送該機關懲處之。

（三）未盡職責或效能過低應予告誡者，通知其上級機關之長官。

政府審計之責任，重在維持財政秩序，協助財務有效運用，促進財務發揮效能，並公正確定財務責任，實施政府財政公開，昭大信於全體國民，以穩固民主政治之基礎。

隨著政府組織再造及全球新公共管理思維之興起，審計部將秉持超然獨立、嚴謹公正、專業之審計核心價值，推動審計業務；配合時代環境之進步與實際業務需要，研求審計制度之改革與審計技術之精進，充分發揮審計功能。為期提供優質審計服務，並達成促進廉能政府之使命，審計業務當前重要努力方向如次，審計機關全體審計人員均應戮力以赴，藉符國人之期盼。

一、嚴密審核財務收支，督促落實開源節流措施。

二、加強考核政府施政績效，提昇施政效率及品質。

三、加強稽察各機關採購案件，強化採購監督機制。

四、加強考核重大公共建設計畫執行及完工效益。

五、促請政府健全財務監督制度，有效提昇政府治理功能。

六、加強政府審計人員在職訓練，賡續精進審計技術，提昇審計工作品質。